php.ini register_globals=ON ; глобализация переменных — потенциальная брешь в безопасности
magic_quotes=OFF ; отключаем магические ковычки для GET/POST/COOKIE — благоприятствует SQL-inj
magic_quotes_runtime=OFF ; благоприятствует SQL-inj
magic_quotes_sybase=OFF ; благоприятствует SQL-inj
mysql.trace_mode=ON ; включает показ ошибок Mysql
allow_url_fopen=ON ; разрешает удаленное открытие файлов файловыми функциями
allow_url_include=ON ; разрешает удаленно инклудить файлы(PHP5.2)
error_reporting=E_ALL ; показ всех ошибок
error_log= /var/log/httpd/php_error ; логирование ошибок
log_errors=ON ; логирование ошибок
disable_functions= ; никаких ограничений
safe_mode=OFF ; никаких ограничений
open_basedir= ; никаких ограничений
sql.safe_mode=OFF ; благоприятствует SQL-inj

И, конечно, грамотно настроим конфиг Апача:

DirectoryIndex [пусто] ; нет стартовой страницы
Options Indexes ; листинг директорий (Elekt)