Чаще всего причиной изжоги является кислота, попадающая из желудка в щелочную среду пищевода в результате заброса желудочного содержимого в пищевод (т. н. гастроэзофагеальный рефлюкс). В большинстве случаев это явление говорит о повышении кислотности желудочного сока.