В ubuntu с qutim удобнее всего работать через индикатор сообщений (конвертик, indicator-messages). Но иконка qutim всё равно показывается на верхней панели.
Поэтому чтобы убрать из трея значок qutim достаточно сделать следующее

sudo wget -O/etc/apparmor.d/usr.bin.qutim pastebin.com
sudo /etc/init.d/apparmor reload

Сделано аналогично этому help.ubuntu.ru
только для кутима.

К слову, интеграция (какое громкое слово!) скайпа в unity через skype-wrapper сводится всего лишь к появлению строки меню в индикаторе сообщений. Что в общем является бестолковой идеей, а значит и удалять значок скайпа с трея не рекомендую.
А вот интеграция qutim сделана с умом и поэтому доп. иконка в трее не нужна.

Кстати, если у кого-то есть желание допиливать Juick Plugin для Psi+, то Welcome, как говорится. На сегодняшний день ситуация такова — первоначальный автор забил на свою поделку большого болта, а другие разрабы Psi+ не хотят дальше развивать и поддерживать сей замечательный плагин. Баги, фиксы и фича-реквесты плагина обсуждаются здесь: code.google.com

прячется человек, способный написать juick-плагин для qutIM. Прячется, потому что это не принесёт ему никакого морального/материального удовлетворения. К тому-же кое какое моральное удовлетворение он получает от того, что представляет как хомячки в своём qutIM'е мучаются копируя номера постов :)