Отредактировать(создать если нет) файл /usr/share/applications/defaults.list
В нем должно быть следующее содержание:
[Default Applications]
application/xhtml_xml=google-chrome.desktop
x-scheme-handler/http=chromium-browser-chromium.desktop
x-scheme-handler/https=chromium-browser-chromium.desktop
x-scheme-handler/ftp=chromium-browser-chromium.desktop
Названия приложений можно посмотреть в /usr/share/applications/
Собственно все. Вроде можно настроить это локально для одного пользователя, но у меня не завелось.