Linux cgroups cgroups рулит. Действительно если процесс, который сильно потребляет CPU погрузить в cgroups то его влияние на общую производительност ьможно минимизировать (реально вообще не ощущается загруженность) такого в винде нет.... opennet.ru unix.stackexchange.com

нужна прога + патч ядра (в новых ядрах уже есть)