CouchDB Erlang Решение проблемы #1449702 с удалением документа с пустым _id. Как ни странно, принцип такой же(:
stackoverflow.com

Либо, как подсказал Christopher Bonhage, через интерактивную консоль:

couchdb -i

DbName = <<"database_name_here">>,
DocId = <<>>,
rr(couchdb),
{ok, Db} = couch_db:open(DbName, [{user_ctx, #user_ctx{roles=[<<"_admin">>]}}]),
case couch_db:open_doc(Db, DocId) of
       {ok, Doc} ->
           couch_db:update_doc(Db, Doc#doc{deleted=true}, []);
       Error ->
           Error
end.