если у вас несколько профилей в ~/.m2/settings.xml то следите, какие из них активирует IDEA. IDEA кладет болт на activeProfiles и включает их сама по собственному разумению.
@develar да, я об этом и говорю. IDEA расставляет там галки как ей захочется. А бывает что и переставляет в неожиданные моменты. И нужно переодически контролировать, что там выставлено.